Chủ đề chính trong sách II Ti-mô-thê là sự kiên trì. Sách II Ti-mô-thê cùng với sách I Ti-mô-thê và sách Tít được các nhà nghiên cứu phân loại là các Thư Tín Mục Vụ. Ba sách này ghi lại những lời hướng dẫn về cách tổ chức và điều hành Hội Thánh mà một người lãnh đạo Hội Thánh cần biết.